این انیمیشن شش ماه بعد از ماجرای اصلی در مانگا در جریان است ، یوگویت موتو و دوستانش در سال آخر دبیرستان بوده و در مورد آنچه که در آینده انجام خواهند داد صحبت می کنند.در همین بین، سیتو کایبی مامور میشود تا برای پیدا کردن "پازل هزار ساله" به "معبد زیرزمینی" رهسپار شود اما ...

پیکاچو به سمت درخت سرآغاز هستی میرود و همزمان اش و دوستانش نیز توسط لاساریو به آنجا راهنمائی میشوند و ...

Ash باید شکارچی را که پوکمون سلبی افسانه ای را مجبور می کند تا به او کمک کند تا یک جنگل را نابود کند، متوقف کند.

خاکستر کچام باید سه کره آتش، یخ و رعد و برق را جمع کند تا تعادل را به جزایر نارنجی بازگرداند.

دو بچه گربه به یک سفر در راه اهنی جادویی میروند.

دانشمندان با استفاده از علم ژنتیک ، پوکمونی جدید به نام میوتو را می‎سازند ، اما نتایج وحشتناک و فاجعه بار است ...