ژاپن پس از جنگ در پایین ترین نقطه خود قرار دارد، زمانی که یک بحران جدید در قالب یک هیولای غول پیکر پدیدار می شود که در قدرت وحشتناک بمب اتمی تعمید یافته است.

داستان فیلم در ژاپن رخ می‌دهد و از سال 1990 شروع شده و در زمان حال به اتمام می‌رسد. این انیمه در سه فصل نشان داده می‌شود: فصل اول «شکوفه‌ی گیلاس»، فصل دوم «فضا‌نورد» و فصل سوم «5 سانتی‌متر بر ثانیه» که مجموع این سه فصل دوران بزرگ شدن پسری به نام تاکاکی تونو را نشان می‌دهند و موضوع بیشتر پیرامون احساسات درونی، دغدغه‌ها و برخورد او و انسان‌های پیرامونش با محیط است...

دکتر ریچیو همیشه عینک میزند تا زخم کنار چشمش معلوم نشود , و همچنین همیشه درگیر کابوسی است که در بچگی به این زخم منجر شده و ....

دانشجویان ژاپنی ، درباره ی سلسله خودکشی هایی که به یک وبکم اینترنتی مرتبط است ، تحقیق می کنند . در این وبکم به بازدید کننده ها قول داده می شود که با مرگ روبرو خواهند شد...