با پنج بچه ی جدید و یه ماموزیت هیجان اینگیز جدید تو دنیای دیجیتال،داستان دیجیمون فرونتیر تمام هیجان و ماجراهای سه فصل قبل رو برمیگردونه. تاکویا، کوجی، ایئومی، جونپی و توموکی همدیگه رو تو قطاری که به دنیای دیجیتال میره ملاقات میکنن.جایی که یه جنک علیه شیطان در حال رخ دادنه. فرشته ی دیجیمون(چروبیمون) یکی از سه تا فرشته ایه که که فرستاده شدن تا جهانو از کمبود قدرت لوکمون نجات بدن.این فرشته به بدی عوض شده و دنیای دیجیتال درخطره. برای اینکه این جنگ بزرگو ببرن این پنج بچه ی انتخاب شده باید دنتسو نو اسپریت رو پیدا کنن.(روح افسانه ای)

تاکاتو ماتسودا،روکی ماتسونو و لی جنریا بچه هایی هستن که با سرنوشت صاحب دیجیمون های واقعی شدن.نه مثل اونایی که تو کارتاشون بازی میکردن.هر کدوم از بچه ها یا هم تیمی های دیجیمون نظرات متفاوتی دارند که چطور باید با دیجیمون ها برخورد کنن.اما وقتی بقیه دیجیمون شروع به پدیدار شدن اطراف ژاپن کردن،اونا باید اختلافاشون رو کنار بزارن تا مزاحمان دیجیتال رو دفع کنن.اگرچه یاماکی کسی که رئیس یه سازمان مخفی به اسم هایپنوز هست سعی داره تاخودش تموم دیجیمون ها را بدست بیاره.

دیجی‌مون‌ها از درون تخم‌هایی به‌نام تخم دیجی (Digi Egg) زاده می‌شوند. آن‌ها به وسیله‌ی پروسه‌ی تکامل دیجیتال (Digivolution) بالغ می‌گردند. در این حالت رفتارشان عوض شده، تمایلات خاص پیدا می‌کنند و قدرتشان افزایش می‌یابد. با این حال آثار تکامل دیجیتال دائمی نیست و غالب اوقات دیجیمون تکامل یافته پس از نبرد یا در هنگام ضعف نیرو به حال نخست برمی‌گردد. با این که برخی از رفتار دیجی‌مون‌ها حیوان-مانند است ولی در بسیاری از موارد مانند قدرت تکلّم آن‌ها از زیرکی و فراست انسانی بهره می‌برند. آن‌ها می‌توانند به وسیله دیجی وایس‌های شریکان انسانی‌شان تکامل دیجیتالی یابند. در برخی موارد، مانند سری نخست، مربّی دیجیمون مجبور است چیزهایی مانند آویز (crest)ها و نشان (tag) ها را بیابد تا دیجیمون‌اش بتواند پس از مرحله‌ی مگا (Mega) به مرحله‌ی بالاتر برود.نخستین آنامی دیجیمون چرخه‌ی زندگی دیجیمون‌ها را معرّفی کرد: آن‌ها به وجود می‌آیند ولی در شرایط طبیعی از بین نمی‌روند زیرا که از اطّلاعات (data) ساخت‌یافته تشکیل گردیده‌اند. دیجی‌مون‌های پیر و دیجی‌مونهایی که زخم‌های مهلک برداشته‌اند در هنگام مرگ به بیت (bit) های اطّلاعات تجزیه می‌گردند. این اطّلاعات اگر به وسیله‌ی دیجی‌مون غالب جذب نگردد در یک چرخه‌ی ققنوس‌وار دوباره به صورت یک تخم دیجی فشرده شده و به شهر شروع ابدی بازمی‌گردد و در آن‌جا اگر به آرامی نوازش شوند، دوباره از آن یک دیجی‌مون نوزاد به دنیا می‌آید. دیجی‌مونی که این‌گونه احیا می‌شود ممکن است قسمتی یا همه‌ی خاطرات زندگی گذشته‌اش را به‌یادبیاورد (مانند آنگه‌مون (Angemon) در سری نخست دیجی‌مون). هم‌چنین اگر اطّلاعات دیجی‌مونی به طور کامل نابود گردد، او خواهد مرد (مانند حادثه‌ی تونل زیرزمینی در سری سوم دیجی‌مون مربّیان دیجی‌مون (Digimon Tamers).